In dieser Form vereint Zygarde 50 % seiner Zellen in sich. Seine Aufgabe besteht darin, das Ökosystem der Pokémon zu überwachen, um auf diese zu achten und jegliche Anomalien zu erkennen. Im Kampf gegen all jene, die das Ökosystem in Gefahr bringen, nimmt es eine noch mächtigere Form an.